Обновления Смарт-Бюджет выкладываются в каталогах вида "12.1.0" (номер совпадает с соответствующей версией Бюджет-КС).
В этих каталогах два архива:

Keysystems.Budget_*.zip - обновление клиентской части, его нужно распаковать в папку "updates\Keysystems.Budget\" сервиса обновлений,
если он развернут. Должна получиться, например, такая папка с рабочими файлами:
"C:\Inetpub\wwwroot\UpdateService\UPDATES\Keysystems.Budget\12.1.0.6989\".

BudgetSmart_*.zip - обновление сервиса смарта.
Содержимое архива нужно переписать в каталог сервиса смарта (C:\Inetpub\wwwroot\budgetsmart\), поверх файлов.
Перед обновлением сервиса все файлы в папке bin (C:\Inetpub\wwwroot\budgetsmart\bin\*.*) нужно удалить.

Как правило, смарт-клиент совместим с более ранними версиями базы данных БКС (например, смарт 12.1.0.6989 совместим с БКС 11.03.04).
О несовместимости будет сообщаться дополнительно на форуме http://www.keysystems.ru/forum/index.php?showtopic=8351.